From wolf.zinke at ovgu.de Wed Dec 11 16:03:25 2024 From: wolf.zinke at ovgu.de (Zinke, Wolfgang) Date: Wed, 11 Dec 2024 15:03:25 +0000 Subject: [rdm4mdr] WG: Info Ticker No. 50 In-Reply-To: References: Message-ID: Liebe FDM-Interessierte der OVGU, Ich m?chte mit dieser Weiterleitung auf den Newsletter vom Rat f?r Informationsinfrastrukturen (RfII) aufmerksam machen und auch gerne auf deren Texte aufmerksam machen: https://rfii.de/de/dokumente Der RfII ist ein wichtiges wissenschaftspolitisches Organ, das sich mit Themen in dem Bereich Forschungsdaten sowie Daten- und Informationsstrukturen besch?ftigt und somit eine Reihe von Texten bietet, die ideal sind, um sich einen generellen, aber gut fundierten ?berblick zu verschaffen. Viele Gr??e Wolf Zinke [cid:image001.png at 01DB4BE6.35698270] Dr. Wolf Zinke Koordinator Forschungsdatenmanagement Prorektorat f?r Forschung, Technologie & Chancengleichheit Otto-von Guericke-Universit?t Magdeburg Universit?tsplatz 2 / G04-206 39106 Magdeburg Tel: 0391-67-58541 E-Mail: wolf.zinke at ovgu.de https://www.fdm.ovgu.de www.linkedin.com/in/wolfzinke https://orcid.org/0000-0001-5525-5973 Von: Rfii_infoticker Im Auftrag von RfII Infoticker Gesendet: Mittwoch, 11. Dezember 2024 12:16 An: rfii_infoticker at rfii.de Betreff: [Rfii_infoticker] Info Ticker No. 50 [cid:image002.png at 01DB2562.05E1FA00] No. 50, 11.12.2024 Diese Woche wichtig 1. Die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) hat die Amsterdam Declaration on Funding Research Software Sustainability (ADORE Software) unterzeichnet, um damit "den Weg f?r eine aktive Unterst?tzung internationaler Bestrebungen zur Standardisierung von Forschungssoftware sowie ihrer F?rderung" zu ebnen und auch die Anerkennung von Softwareentwicklung als wissenschaftliche Leistung zu f?rdern. [mehr] 1. Die Konsortialversammlung des NFDI e.V. (Nationale Forschungsdateninfrastruktur) hat ein Positionspapier zu Status quo und Zukunft der NFDI ver?ffentlicht. Darin ?u?ern sich die Fachkonsortien insbesondere zu Mehrwerten, Vernetzung und Integration sowie zu Rahmenbedingungen und formulieren Kernforderungen f?r eine k?nftige Bund-L?nder-Vereinbarung. [mehr] 1. Das Gemeinsame Unternehmen f?r europ?isches Hochleistungsrechnen (EuroHPC) hat die Auswahl der ersten sieben KI-Fabriken bekannt gegeben. Mit "HammerHAI" wird eine der KI-optimierten Supercomputer-Infrastrukturen am H?chstleistungsrechenzentrum Stuttgart (HLRS) angesiedelt und in Zusammenarbeit mit dem Leibniz-Rechenzentrum der Bayerischen Akademie der Wissenschaften (LRZ), der Gesellschaft f?r wissenschaftliche Datenverarbeitung G?ttingen (GWDG), dem Karlsruher Institut f?r Technologie (KIT) und dem HPC-Beratungsunternehmen SICOS BW eingerichtet werden. [mehr] 1. Der Beirat Digitalstrategie und des DigitalService des Bundes hat seinen Abschlussbericht vorgelegt und auch konkrete L?sungsans?tze f?r eine n?chste Digitalstrategie, ihre Umsetzungsbegleitung sowie die Realisierung k?nftiger Digitalprojekte formuliert. Als vorrangig empfiehlt er eine konsequente und priorit?re Umsetzung einer Digitalisierungsstrategie durch die gesamte Bundesregierung. [mehr] 1. Die UNESCO f?hrt zusammen mit CODATA (Committee on Data of the International Science Council) eine Konsultation zum Einfluss von Open Science auf die Datenpolitik in Krisenzeiten durch und l?dt noch bis 16. Dezember zur Kommentierung von drei Dokumententw?rfen ein. [mehr] Weitere Meldungen 1. In Brandenburg haben SPD und BSW (B?ndnis Sahra Wagenknecht) ihren Koalitionsvertrag (2024-2029) unterzeichnet. Er sieht Digitalisierung als Querschnittsthema vor. Neben einem Schwerpunkt auf Verwaltungsdigitalisierung werden auch ein Digitalbudget und eine eigene Datenstrategie angek?ndigt. [mehr] 1. In Th?ringen wurde der Koalitionsvertrag von CDU, BSW und SPD beschlossen. Im Rahmen des Querschnittsthemas Digitalisierung werden insbesondere eine KI- und Datenstrategie, die (Weiter-)Entwicklung eines Open-Data-Gesetzes sowie der Ausbau der "Th?ringen Cloud" zur St?rkung der digitalen Verwaltung angek?ndigt. [mehr] 1. Forschende des ZEW - Leibniz-Zentrums f?r Europ?ische Wirtschaftsforschung schlagen in einem Policy Brief ein EU-F?rderprogramm zur Entwicklung sicherer generativer KI vor. Kern ist ein Anreiz- und Verg?tungssystem f?r das Erreichen von vereinbarten Sicherheits- und Leistungskennzahlen, mit dem die EU eine Marktnische f?llen k?nne. [mehr] 1. Die Bertelsmann-Stiftung hat in einer Studie m?gliche Konfliktpunkte und Synergien zwischen der europ?ischen KI-Verordnung (AI Act) und anderen Gesetzen, wie dem Digital Services Act (DSA) und der Datenschutzgrundverordnung (DSGVO) identifiziert und Ma?nahmen f?r sektorale und strukturelle Nachjustierungen auf nationaler und europ?ischer Ebene vorgeschlagen. [mehr] 1. F?r die aktuelle Mandatsphase der Europ?ischen Union bietet interface (vormals Stiftung Neue Verantwortung) mit dem Tech Observatory einen laufenden, sektoren?bergreifenden ?berblick ?ber pr?gende Entwicklungen - zun?chst zu f?nf Kernthemen - der europ?ischen Digital- und Technologiepolitik. [mehr] 1. Die Charit? - Universit?tsmedizin Berlin und das Halbleiterunternehmen Intel haben angek?ndigt, gemeinsam innovative KI-L?sungen zur Gesundheitsdatennutzung zu entwickeln. So soll 2025 ein Chatbot pr?sentiert werden, der die Transparenz und Behandlungsqualit?t st?rkt. [mehr] Veranstaltungen 1. openBBB: "AI, Open Access and beyond: Konkrete bis strategische Ableitungen f?r Bibliotheken" (online; 18.12.) [mehr] 2. PlanS, OPERAS et al: "Public Launch of the ALMASI EU funded Project and European Diamond Capacity Hub (EDCH)" (Madrid, Spanien; 14.-15.01.; Anmeldung bis 12.12.) [mehr] Tagungsberichte 1. Deutscher Bundestag Digitalausschuss: ?ffentliche Anh?rung zum Thema "Open Source" [mehr] Verantwortet von B?rbel Lange (baerbel.lange at rfii.de). Der RfII Info Ticker wertet die neuesten Meldungen zu RfII-relevanten Themen aus. Grundlage sind der Informationsdienst Wissenschaft (idw), Newsletter und Social-Media-Kan?le von einschl?gigen Organisationen und Einrichtungen. Abonnieren k?nnen Sie den Info Ticker, indem Sie sich f?r die Mailingliste registrieren. Leiten Sie das Angebot gerne auch an andere Interessierte weiter. Diese Mail wird f?r Mitglieder des RfII im Mailarchiv (RfII Info Ticker) archiviert. -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: -------------- next part -------------- A non-text attachment was scrubbed... Name: image002.png Type: image/png Size: 5098 bytes Desc: image002.png URL: -------------- next part -------------- A non-text attachment was scrubbed... Name: image001.png Type: image/png Size: 19096 bytes Desc: image001.png URL: From alice.gruenig at med.ovgu.de Thu Dec 12 12:57:29 2024 From: alice.gruenig at med.ovgu.de (=?utf-8?B?R3LDvG5pZywgQWxpY2U=?=) Date: Thu, 12 Dec 2024 11:57:29 +0000 Subject: [rdm4mdr] RDM@MDR Meeting an der UMMD Message-ID: Liebe alle, wir freuen uns auf das n?chste Forschungsdatenmanagement-Meeting unserer RDM at MDR Reihe. Wann? Mittwoch, 18.12.2024, von 13-15 Uhr Wo? UMMD-Campus, Haus 2, hinterer Eingang, Raum 216 (Bibliothek des Instituts f?r Biometrie und Medizinische Informatik) [Lageplan IBMI.png] Die Teilnahme per Zoom ist ?ber folgenden Link m?glich: https://ovgu.zoom.us/j/97450828862?pwd=VnVsd2kwRDhYQ08rOXJJNVdoMkVLdz09#success Passwort: FME-2020 Bei Fragen vorab stehe ich gerne zur Verf?gung. Beste Gr??e, Ali?e Gr?nig Mit den besten Gr??en, Dr. rer. nat. Ali?e Gr?nig Koordination f?r Forschungsdatenmanagement ............................................... [fakultaet_logo_e-mail_blau] Institut f?r Biometrie und Medizinische Informatik Datenintegrationszentrum Forschungsdatenmanagement Otto-von-Guericke-Universit?t Magdeburg Medizinische Fakult?t Leipziger Str. 44 39120 Magdeburg Telefon: +49-391-67-13508 alice.gruenig at med.ovgu.de fdm at med.ovgu.de https://orcid.org/0000-0003-4626-328X Besuchen Sie unser FDM-Homepage: https://wms.diz-ag.med.ovgu.de/x/tpYjDg -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: -------------- next part -------------- A non-text attachment was scrubbed... Name: image001.gif Type: image/gif Size: 6741 bytes Desc: image001.gif URL: -------------- next part -------------- A non-text attachment was scrubbed... Name: image002.png Type: image/png Size: 267900 bytes Desc: image002.png URL: From wolf.zinke at ovgu.de Tue Dec 17 23:13:56 2024 From: wolf.zinke at ovgu.de (Zinke, Wolfgang) Date: Tue, 17 Dec 2024 22:13:56 +0000 Subject: [rdm4mdr] NFDI Survival Guide Message-ID: Liebe-FDM-Community, As Reminder: We have our 2nd RDM4MDR Community Meeting today at 13:00. It would be awesome to see you there in person (Medical Campus, Haus 2, Room 216). If you can not be there in Person, but still want to participate, you could join via Zoom: https://ovgu.zoom.us/j/97450828862?pwd=VnVsd2kwRDhYQ08rOXJJNVdoMkVLdz09#success Passwort: FME-2020 We will discuss the status quo of electronic labnotebooks. Some more updates now in German: Die OVGU ist seit Ende November offizielles Mitglied in der Nationalen Forschungsdatenstruktur (NFDI) e.V. : https://www.nfdi.de/nfdi-verein-mitgliederzahl-waechst-auf-ueber-300 Damit steht eine aktive Beteiligung an den NFDI-Sektionen allen Mitarbeitenden der OVGU offen: https://www.nfdi.de/sektionen-anmeldung Aus den Sektionen heraus k?nnen Antr?ge f?r Basisdienste gestellt werden, die dann ?ber Base4NFDI entwickelt und bereitgestellt werden. Einen aktuellen Stand zu den Diensten hat die Services Roadshow geliefert, von der die Pr?sentationen nun online verf?gbar sind: https://base4nfdi.de/news-events/events/services-roadshow-by-base4nfdi-12-2024 Um einen kurzen ?berblich dar?ber zu bekommen, was die NFDI ist, empfehle ich dieses Survival Kit: https://zenodo.org/records/14441578 Ich habe auf LinkedIn ebenfalls eine kleine Linksammlung zur NFDI erstellt: https://www.linkedin.com/posts/activity-7272933726680981507-ub-i Viele Gr??e und hoffentlich bis sp?ter Wolf [cid:image001.png at 01DB50D7.64B50FE0] Dr. Wolf Zinke Koordinator Forschungsdatenmanagement Prorektorat f?r Forschung, Technologie & Chancengleichheit Otto-von Guericke-Universit?t Magdeburg Universit?tsplatz 2 / G04-206 39106 Magdeburg Tel: 0391-67-58541 E-Mail: wolf.zinke at ovgu.de https://www.fdm.ovgu.de www.linkedin.com/in/wolfzinke https://orcid.org/0000-0001-5525-5973 -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: -------------- next part -------------- A non-text attachment was scrubbed... Name: image001.png Type: image/png Size: 19096 bytes Desc: image001.png URL: -------------- next part -------------- A non-text attachment was scrubbed... Name: IBMI.png Type: image/png Size: 270686 bytes Desc: IBMI.png URL: From wolf.zinke at ovgu.de Thu Dec 19 12:27:24 2024 From: wolf.zinke at ovgu.de (Zinke, Wolfgang) Date: Thu, 19 Dec 2024 11:27:24 +0000 Subject: [rdm4mdr] Folien zum 2nd RDM4MDR Community Meeting Message-ID: <08ef35fba85543538e1202ced1ef1c53@ovgu.de> Liebe FDM-Community, Vielen Dank f?r die rege Teilnahme und aktive Diskussion bei dem gestrigen RDM4MDR-Meeting. Anbei Sind die Folien mit all den genannten Links. N?chstes Jahr werden wir mit diesem Austauschformat dann weitermachen, aber Termine dann bereits langfristig festlegen, um so auch gezielt bestimmte Fokusthemen aufzunehmen und gegebenenfalls externe G?ste einzuladen. Falls jemand bestimmte Themen oder Vorschl?ge hat, die in dieser Runde angesprochen werden sollten, einfach gerne an uns (Ali?e, Jenifer oder mir) weitergeben. Ich w?nsche allen angenehme und erholsame Feiertage Wolf Zinke [cid:image001.png at 01DB5211.5B715FC0] Dr. Wolf Zinke Koordinator Forschungsdatenmanagement Prorektorat f?r Forschung, Technologie & Chancengleichheit Otto-von Guericke-Universit?t Magdeburg Universit?tsplatz 2 / G04-206 39106 Magdeburg Tel: 0391-67-58541 E-Mail: wolf.zinke at ovgu.de https://www.fdm.ovgu.de www.linkedin.com/in/wolfzinke https://orcid.org/0000-0001-5525-5973 -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: -------------- next part -------------- A non-text attachment was scrubbed... Name: image001.png Type: image/png Size: 31002 bytes Desc: image001.png URL: -------------- next part -------------- A non-text attachment was scrubbed... Name: 20241218_RDM4MDR_community_meeting.pdf Type: application/pdf Size: 4730761 bytes Desc: 20241218_RDM4MDR_community_meeting.pdf URL: From wolf.zinke at ovgu.de Thu Dec 19 12:40:12 2024 From: wolf.zinke at ovgu.de (Zinke, Wolfgang) Date: Thu, 19 Dec 2024 11:40:12 +0000 Subject: [rdm4mdr] Langzeitziel RDM into BIDS/ARC Message-ID: <4139f99510c3484682ddd863a37d53a9@ovgu.de> ________________________________ Von: Tobias Gottschall Gesendet: Donnerstag, 19. Dezember 2024 08:30 An: rdm4mdr-l at listserv.ovgu.de Betreff: langzeitziel RDM into BIDS/ARC Hallo, da ich den Eindruck hatte, dass es durchaus Interesse daran gab, mehr Details dar?ber zu bekommen, wie das geschilderte Ziel in der praktischen Umsetzung aussehen k?nnte, hier das Poster das ich dazu gemacht habe (https://zenodo.org/records/8349563). Darauf sieht man wie ein BIDS (https://bids.neuroimaging.io/) bzw. ARC (https://nfdi4plants.github.io/nfdi4plants.knowledgebase/core-concepts/arc/) Datensatz aussehen k?nnte, der den vollst?ndigen Forschungsprozess enth?lt. Gemein ist einschlie?lich: Forschungsplanung, Protokoll zur Probenerstellung, Bilddaten, Quellcode f?r die Auswertung bis zur Publikation. Die eher organisatorischen formalen Dinge wie DMP, DFG-Antrag, Tierversuchsantrag fehlen hier noch, aber ich denke es wird klar wie diese eingebunden werden k?nnten. Wie man die unterschiedlichen Datenquellen verkn?pfen k?nnte um einen solchen Datensatz automatisiert zu erstellen, um ihn dann auf ein ?ffentliches Archiv (oder einer Plattform wie gestern von DIZ beschrieben) hochzuladen habe ich in einem kleinen Proof-of-concept repo erl?utert, sowie einen Prototypen hochgeladen: https://github.com/SaibotMagd/RDM_system_connector . Das Auslesen und Zuordnen von Tags bzw. Schl?sselbegriffen zu Ontologien in die von der NFDI bevorzugte NFDIcore Struktur fehlt noch. F?r die als "domain extension" bezeichnete dritte Ebene des NFDIcore 2.0 Ontology systems (siehe seite 16 auf: https://zenodo.org/records/12721606) sollen die Ontologien, die bei OLS4 (EMBL-EBI Ontology Lookup Service: https://www.ebi.ac.uk/ols4) gesammelt werden, eingebunden werden. Eine sehr simple M?glichkeit wie man die Schl?sselbegriffe zu den Ontologieeintr?gen zuordnen k?nnte habe ich unter den Begriff: "fuzzy similarity matching" im erw?hnten Repo demonstriert. Bessere Ergebnisse bekam ich aber durch den Einsatz eines LLM's. Auch wenn in dem Repo Quellcode enthalten ist, der die lokale Verwendung des LLMs demonstriert, fehlt uns voraussichtlich die Hardware und die finanziellen Mittel das on-premise umzusetzen. Im Anschluss daran werden die mit den Ontologien angereicherten Schl?sselbegriffe zusammen mit den Bild-Metadaten in eine Knowledge Graphen Struktur gebracht (entweder Virtuell https://github.com/CFGrote/omero-ontop-mappings oder als Kopie https://github.com/neo4j-labs/rdflib-neo4j ). Dieser KG wird dann per RAG an ein LLM angebunden (z.B. https://machinelearningmastery.com/building-graph-rag-system-step-by-step-approach/ & https://cookbook.openai.com/examples/rag_with_graph_db). Nun hoffe ich, dass dies das Ziel und die Erreichbarkeit dessen deutlich macht, auch wenn nat?rlich noch viel Entwicklungsarbeit n?tig ist. Liebe Gr??e und erholsame Feiertage, Tobias Gottschall, M.Sc. NFDI4bioimage @ Leibniz Institute for Neurobiology -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: